FNP provinciaal en gemeentelijk
De FNP, opgericht in 1962, heeft bijna 1300 leden. De basis van de organisatie ligt in de afdelingen, die volgens de gemeentelijke indeling georganiseerd zijn. In bijna alle gemeenten in Friesland heeft de FNP een afdeling met leden, een bestuur en een fractie.
Commissies en Statenfractie
Op provinciaal niveau heeft de partij een hoofdbestuur met een aantal commissies. Het hoofdbestuur zorgt er voor dat de partij-organisatie provinciaal vorm krijgt en geeft ondersteuning aan de afdelingen. De leden van de statenfractie verwoorden de politieke FNP-standpunten in de Staten van Friesland. De leden van de fractie hebben ook zitting in verschillende Statencommissies. De fractie wordt bijgestaan door twee fractiemedewerkers.
FNP in de Eerste Kamer
Sinds 1999 heeft de FNP een vertegenwoordiging in de Eerste Kamer-de OSF (Onafhankelijke Senaatsfractie). Dit is een samenwerkingsverband van regionale partijen in de verschillende provincies in de Senaat. Vanaf 2007 levert de FNP als grootste regionale partij ook de voorzitter van de OSF.
FNP in Europa
De FNP werkt in de Europese politieke partij European Free Alliance (EFA) samen met andere regionale politieke partijen in Europa zoals bijvoorbeeld de Schotten, de Welshmen en de Catalanen. Onder de ongeveer 40 Europese partners bevinden zich ook de Friese politieke partijen in Duitsland. De FNP heeft als medeoprichter een directe zetel in het bestuur van de EFA.